ბიომრავალფეროვნების კუთხით ლაგოდეხის დაცული ტერიტორიები ერთ-ერთი ყველაზე მნიშვნელოვანი ადგილია საქართველოსა და მთელ კავკასიის რეგიონში.

ბუნების დაცვის მსოფლიო ფონდის მიერ (WWF) იდენტიფიცირებულია, როგორც -
• ერთ-ერთი განსაკუთრებული მნიშვნელობის გლობალური ეკო-რეგიონი (კავკასიური შერეული ტყეების ეკო-რეგიონი);
• ძირითადი ორნიტოლოგიური ტერიტორია (Important Bird Area (GE024);
• საერთაშორისო კონსერვაციის (Conservation International) - ბიომრავალფეროვნების ცხელი წერტილი.

ლაგოდეხის დაცული ტერიტორიები ასევე აღიარებულია, როგორც „ზურმუხტის ქსელის“ პოტენციური კანდიდატი და საქართველოსა და ევროკავშირს შორის ასოცირების შეთანხმების ფარგლებში - კვალიფიცირდება Natura 2000-ისთვის.

ფლორა
ლაგოდეხის დაცულ ტერიტორიებზე 1,100 სახეობის მცენარეა. დენდროფლორა 130-მდე სახეობითაა წარმოდგენილი.

ტყეების სარტყელი ხასიათდება დიდი ბიომრავალფეროვნებით, ვერტიკალური ზონირებითა და ჰაბიტატთა მონაცვლეობით. ტყის ქვედა ზონაში გვხვდება: რცხილნარი, მუხნარი, მუხნარ-რცხილნარი და რცხილნარ-წიფლნარი. ზღვის დონიდან 850 მ-დან 1700 მ-მდე ძირითადად წიფლის ტყეებია, თუმცა აქ შერეულია: რცხილა, ქართული მუხა, იფანი, ცაცხვი და სხვა. 1,800 მ-ს ზევით სუბალპური ტყეების სარტყელია, სადაც წიფელთან ერთად გვხვდება მაღალმთის მუხა და ნეკერჩხალი, ლიტვინოვისა და მეჭეჭიანი არყი. ზღვის დონიდან დაახლოებით, 2300 მეტრზე ტყის ზოლი - არყნარით მთავრდება. ლაგოდეხში მარადმწვანე დეკის ბუჩქნარი 2700 მ-მდეა გავრცელებული. ჭალებში და მდინარეთა ნაპირებთან ახლოს, ალუვიურ ტერასებზე მონაკვეთებად გვხვდება მურყნარები. 

საქართველოს „წითელი ნუსხის" მცენარეებიდან ლაგოდეხის დაცულ ტერიტორიაზე 15 სახეობაა წარმოდგენილი, მათგან აღსანიშნავია: კაკალი, წაბლი, მაღალმთის მუხა, ლაფანი, უთხოვარი, კავკასიური ხურმა და სხვ.

რელიქტური და ენდემური მცენარეები: ლაგოდეხის ფლორის 121 სახეობა  - კავკასიის, ხოლო - 9 საქართველოს ენდემია. ამ უკანასკნელთაგან, 7  -კახეთის, პრაქტიკულად კი თავად დაცული ტერიტორიის ვიწრო ენდემს წარმოადგენს, რომელთაგან აღსანიშნავია: მრგვალი წამალი (Gymnospermium smirnowii), იულიას ფურისულა (Primula juliae), ჯონჯოლი (Staphylea pinata), ლაგოდეხის ნაღველა (Gentiana lagodechiana), მლოკოსევიჩის იორდასალამი (Paeonia mlokosewitschii), ლაგოდეხის იორდასალამი (Paeonia lagodechiana), კეცხოველისა (Galanthus lagodekhianus)  ლაგოდეხის თეთრყვავილა (Galanthus lagodekhianus) და სხვ.

ფაუნა
მრავალფეროვანი ფაუნაა ლაგოდეხის დაცულ ტერიტორეიტორიებზე წარმოდგენილი, აქ ხერხემლიანი ცხოველების 126 სახეობაა გავრცელებული: თევზების - 4, ამფიბიების - 5, ქვეწარმავლების - 12, ფრინველების - 150 და ძუძუმწოვრების - 53.

ლაგოდეხის ნაკრძალი აღიარებულია როგორც განსაკუთრებით მნიშვნელოვანი ადგილი ამფიბიებისათვის. ლაგოდეხის დაცული ტერიტორიები მდიდარია უხერხემლოების ფაუნით.

ლაგოდეხის ნაკრძალი და აღკვეთილი მტაცებელი ფრინველებით განსაკუთრებულად მდიდარია. აქ ბინადრობს კრავიჭამია ანუ ბატკანძერი, მთის არწივი, შევარდენი, მთის და ველის არწივი, ბექობის არწივი.

ძუძუმწოვრებიდან ირმის მონათესავე, მომცრო ტანის შველი მრავლადაა ლაგოდეხის ფოთლოვან ტყეებში გავრცელებული. ხოლო ჭალებში ბევრია გარეული ღორი. ლაგოდეხის დაცულ ტერიტორიებზე მტაცებლების წარმომადგენლებიდან გვხვდება მგელი და მურა დათვი. ნაკრძალში ჩლიქოსნების სიმრავლე მტაცებლების კეთილდღეობის გარანტიაა. ლაგოდეხში გავრცელებული სხვა მტაცებლებიდან აღსანიშნავია: მელა, ფოცხვერი, ტყის და კლდის კვერნები და ტყის კატა.

მრავალფეროვანია ლაგოდეხის ნაკრძალის ორნითოფაუნა. ალპური იალაღების თავზე მთის არწივები, ბატკანძერები და ორბები ბინადრობენ. ბევრია კირკიტა და კაკაჩა; გვხვდება რამდენიმე სახეობის ბუ. ლაგოდეხის მთებში შურთხის სიახლოვეს ცხოვრობს როჭო. აქ შეიძლება - კაკბების გუნდის, კოდალას, პაწაწინა წითელთავა მთიულებისა და მთახეხმიანი თეთრგულა შაშვების ნახვა. გრძელნისკარტა და ძალიან ლამაზი წითელფრთიანი კლდეცოციაც წელიწადის თბილ ნაწილს მთაში ატარებს და მხოლოდ ზამთრის პირზე ეშვებიან ბარში. ყვითელგულა მოლაღურები, მთის მდინარეებში თამამად მყვინთავი წყლის შაშვები, წიწკანები, ხეცოციები, ჭინჭრაქები, ნიბლიები, გუგულები და კოდალები ლაგოდეხის ტყის ბინადრები არიან.

საქართველოს “წითელ ნუსხაში" ძუძუმწოვრების შეტანილი სახეობებიდან აღსანიშნავია: არჩვი, აღმოსავლეთ კავკასიური ჯიხვი, კეთილშობილი ირემი, ფოცხვერი, მგელი და მურა დათვი. ფრინველებიდან კი კავკასიური როჭო, კავკასიური შურთხი და სხვ. უნდა აღინიშნოს, რომ საქართველოში გავრცელებული ძუძუმწოვრების 40% ლაგოდეხის ნაკრძალსა და აღკვეთილში ბინადრობს.

ენდემური სახეობები: აღსანიშნავია, რომ ლაგოდეხის დაცულ ტერიტორიებზე ბინადრობს გლობალურად საფრთხეში მყოფი ამფიბია - ჩვეულებრივი ვასაკა.

კავკასიის ენდემური სახეობებიდან აღსანიშნავია კავკასიური ჯვრიანა; ფრინველებიდან - კავკასიური როჭო, შურთხი და ყარანა. 

ლოკალური ენდემებიდან აღსანიშნავია - ლაგოდეხის ჭიაყელა.

სოკოები
დღეისათვის დაცულ ტერიტორიაზე გავრცელებული მაკრომიცეტი სოკოების 230 სახეობაა ცნობილი, რომელთა უმრავლესობა Agaricales (139) წარმომადგენელია, მათგან 23 სახეობა მხოლოდ ლაგოდეხის ნაკრძალშია ნანახი. Cantharellus caucasicus სახეობა საქართველოს ტერიტორიაზე, მხოლოდ ლაგოდეხის ნაკრძალში გვხვდება. დისკომიცეტი სოკოებიდან აღსანიშნავია - Peziza cyathoidea, ხოლო აბედა სოკოებიდან: Abortiporus biennis, Cantharellus caucasicus, Ceraporia gilvescens, Chaetoporus euporus, Radulum fagicola, Trametes aneirinus და სხვა.

ქუდიანი სოკოებიდან წარმოდგენილია: Amanita ovoidea, Collydia cirrhuta, Gymnopilus penetrans, Hebeloma sachariolens და სხვა. განსაკუთრებით ხშირად გვხვდება დათვის სოკო (Boletus edulis), მიქლიო (Cantharellus sibarius), ხეთამხალი (Pleurotus ostreatus), მელნის ძირა (Lepista sordida), მინდვრი ქამა (Agaricus arvensis), ლამბაქა (Sarcoscifa coccinea) და სხვ.