სააგენტოს საქმიანობის სფეროს წარმოადგენს სახელმწიფო ნაკრძალების, ეროვნული პარკების, ბუნების ძეგლების, აღკვეთილების, დაცული ლანდშაფტების, ბიოსფერული რეზერვატების, მსოფლიო მემკვიდრეობის უბნების და საერთაშორისო მნიშვნელობის მქონე ჭარბტენიანი ტერიტორიების სისტემის მართვა.

სააგენტოს მიზნებს წარმოადგენს დაცული ტერიტორიების მართვის სისტემის გაუმჯობესება, ტერიტორიული ადმინისტრაციების ფუნქციონირების უზრუნველყოფა და კანონმდებლობით დადგენილი წესების დაცვაზე კონტროლი, ახალი დაცული ტერიტორიების დაგეგმვა, შექმნა და განვითარება.

 დაცული ტერიტორიების სააგენტოს ძირითად მიზნებია:

• ბუნებრივი პროცესების უწყვეტი განვითარების უზრუნველსაყოფად საქართველოს ბიოგეოგრაფიული ერთეულების გრძელვადიანი გარანტირებული დაცვა;
• ბუნებრივი ეკოსისტემების, ლანდშაფტებისა და ცოცხალი ორგანიზმების დაცვა და აღდგენა;
• საქართველოს „წითელ ნუსხაში“ შეტანილ, გადაშენების საფრთხის წინაშე მყოფ გარეულ ცხოველთა და ველურ მცენარეთა გენოფონდის დაცვა და ბიოლოგიური მრავალფეროვნების შენარჩუნება;
• უნიკალური და იშვიათი ორგანული თუ არაორგანული ბუნებრივი წარმონაქმნების შენარჩუნება;
• ეროზიული, ღვარცოფის, წყალდიდობა-წყალმოვარდნის, ზვავის, მეწყრის აქტიური გავლენის ზონაში მოხვედრილი ტერიტორიების, აგრეთვე ზედაპირული და მიწისქვეშა წყლების ფორმირების, გადინებისა და განტვირთვის არეალების დაცვა ანთროპოგენური ზემოქმედებისაგან;
• ისტორიულ-კულტურული ლანდშაფტების, ხუროთმოძღვრული და არქეოლოგიური კომპლექსების დამახასიათებელი პეიზაჟების შენარჩუნება და აღდგენა;
• განათლებისა და მეცნიერული კვლევა-ძიებისათვის ფასდაუდებელი და შეუცვლელი ობიექტების ტერიტორიაზე შესაბამისი საველე პირობების შექმნა;
• ბუნებრივ და ისტორიულ-კულტურულ გარემოში რეკრეაციის, ჯანმრთელობის დაცვისა და ტურიზმისათვის ხელსაყრელი პირობების უზრუნველყოფა;
• ტრადიციული სამეურნეო საქმიანობისა და ხალხური შემოქმედების დაცვის, აღდგენისა და განვითარების ხელშეწყობა თვითმყოფადი ისტორიულ-კულტურული გარემოს შესანარჩუნებლად;
• სასოფლო-სამეურნეო, სამრეწველო, სატრანსპორტო და ენერგეტიკული დანიშნულების ტერიტორიებისა და ბუნებრივი რესურსების დამზოგავი სამეურნეო საქმიანობის სტიმულირება.